Trên cây lạc có hơn 50 loài nấm bệnh gây hại, trong đó phổ biến 12 bệnh hại chính bao gồm: Bệnh đốm nâu, bệnh đốm đen, bệnh gỉ sát, bệnh cháy bìa lá, bệnh thối đen gốc, bệnh lở cổ rễ, bệnh thối gốc mốc trắng, bệnh thối vàng cổ rễ, bệnh đốm lá không đều, bệnh đốm bả trầu.
Các vi khuẩn gây bệnh chính trên hành là mầm bệnh thối nhũn, Pantoea agglomerans (gây cháy lá) và P. ananatis (gây thối tâm củ), và các mầm bệnh thối mềm, Pectobacterium carotovorum và Pseudomonas marginalis , với một số trang trại bị thiệt hại do vi khuẩn Burkholderia gladioli gây ra.
Pseudoperonospora cubensis là một loài nấm mốc nước gây ra bệnh sương mai trên các loại cây họ bầu bí như dưa lê, dưa lưới, dưa chuột, bí đỏ, bí và dưa hấu.... Nấm mốc nước này là mầm bệnh quan trọng của tất cả các loại cây trồng này, đặc biệt là ở những vùng có độ ẩm và lượng mưa cao. Trong hầu hết các năm, bệnh là một vấn đề hàng năm, nó đã trở thành một trong những bệnh quan trọng nhất trong sản xuất dưa chuột. Được coi là một loại lá có khả năng phá hủy cao bệnh của bầu bí,
Ngày 08/03/2019 chúng tôi là người đầu tiên phát hiện nó xuất hiện tại Việt Nam, nó gây hại tại xã Diễn Tân, huyện Diễn Châu, Nghệ An. Đến ngày 21/04/2019 Cục BVTV (Bộ NN-PTNT) đã chính thức xác nhận, loài sâu keo mùa thu (tên tiếng Anh là Fall Armyworm, tên khoa học là Spodoptera frugiperd) đã chính thức xâm nhập vào Việt Nam và đã gây hại tại nhiều địa phương trên cả nước.
Cây có múi, đặc biệt là cây cam đang là cây cho giá trị kinh tế cao tại các vùng như Cao Phong của Hòa Bình, Quỳ Hợp và Nghĩa Đàn của Nghệ An, hay vùng trồng quất cảnh ở xung quanh Hà Nội…Chính giá trị kinh tế mà cây có múi mang lại cao hơn các loại cây trồng khác nên người nông dân đang ngày mở rộng diện tích.
Hầu hết những loài cỏ quan trọng, nhất là vùng lúa nước đều cạnh tranh dinh dưỡng và ánh sáng với cây lúa, là nguyên nhân của sự giảm năng suất lúa. Trong đó Cỏ lồng vực có tên khoa học là Echinochloa crusgalli L.(hay nhiều địa phương còn gọi cỏ mỳ, cỏ gạo, cỏ kê) là một loại cỏ dại nguy hiểm và khó phòng trừ nhất trên ruộng lúa. Năng suất bị mất do loài này có thể dao động từ 40 - 80%. Tổn thất nghiêm trọng hơn ở lua gieo thẳng hơn lúa cấy.
Sau mưa, úng ngập sức sống cây trồng suy giảm, thậm chí sẽ chết và nông dân phải gieo trồng lại. Trong trường hợp bị ảnh hưởng nhẹ bởi mưa, ngập úng mà cây trồng vẫn sống sót thì sức sống cây trồng bị ảnh hưởng nặng nề, khả năng chống chịu giảm sút, nhiều loài nấm bệnh và vi khuẩn gây hại sẽ tấn công và có thể gây mất trắng mùa vụ.